불균등자본거래가 복잡해지는 경우는 관계기업과의 회계처리에서이다. 지배기업과 종속기업간의 지분거래의 경우, 지분법자본잉여금변동(지배주주자본변동)으로 증감을 조정해주면 그만이다. 관계기업의 경우에서 피투자기업의 불균등자본거래가 발생하였고 이로 인해 투자기업의 피투자기업지분율이 상승하는 경우 일반기업회계기준에서는 영업권 등으로 회계처리하도록 규정되어 있다. 만일 지분율의 상승분보다 피투자기업에 대한 지분투자액이 많을 경우 "영업권"으로 회계처리가 자연스럽게 되므로 고민이 없다. 문제는 지분율의 상승분보다 피투자기업에 대한 지분투자금액이 적을 경우이다. 자본거래로 인해 지분법주식의 변동의 상대계정을 무엇으로 할 것인가 하는 점이고 이에 대한 지침이 불분명하다.

과거 해석사례가 비록 현재의 회계기준하에 주어진 지침은 아니지만 지분법회계의 기본골자가 과거에 비해 크게 변경되어진 것은 아니므로 회계처리를 어떻게 할 것인지에 대한 단서를 얻을 수 있다. 회계기준원의 경우 투자유가증권평가손익(자본조정) 즉 지분법자본변동으로 회계처리하도록 되어 있다. 한편, 동일한 건에 대하여 금감원의 질의회신의 경우 영업권 또는 부의 영업권으로 회계처리를 하도록 하였다.

회계기준서의 내용만 보면 금감원의 회계처리방향이 기준서에 충실한 것으로 보이며, 지분율의 증가 및 지분에 대한 대가가 증가보다 적은 경우 "부의 영업권"으로 하여 거래시 "염가매수차익(지분법이익)"으로 회계처리하는 것이 차후 문제가 생길 여지가 적은 것으로 보인다.

금감원과 회계기준원의 해석사례가 다른 경우